正确施行教会纪律是健康教会的标记
教会不仅是真理的柱石与根基，是我们彼此相爱的家，也是永生神的军队。要奉神旨意，与魔鬼争战、为主基督去得着灵魂。既然如此，教会是需要有纪律和执行教会纪律的。否则，内部的嫉妒纷争与散漫，必将导致没法为主作美好的见证。那样，教会也不成为教会，不像是金灯台了。启1:20
所谓执行教会纪律，就是对明显违反道德与教会规章制度的行为做出程度不同的惩戒与管教。目的是为了帮助其认识到自己犯罪得罪了神，好有机会悔改归正。经上说:“这称为我名下的子民，若是自卑、祷告，寻求我的面，转离他们的恶行，我必从天上垂听，赦免他们的罪，医治他们的地。”代下 7:14 。
明显违反道德的行为，不难理解。如林前5:1～5。违反教会规章制度的行为，有长期无故不参加聚会，背后论断诽谤，妄称神的名，散播异端理论等。对自身与基督的身体——教会都造成了伤害。所以，有的需要当面提醒、警戒、责备，有的需要停圣餐（主要按照教会传统），有的要将其逐出教会。
无论如何，执行教会的纪律，都是为了维护教会的纯洁与保护弟兄姊妹的彼此相爱。所以必须按爱心而行，不可掺杂个人成见。但是，教会之所以是教会，必须要有教会的纪律，因为这是圣经所定规的。
关于执行教会纪律，真是需要万分谨慎:
1、对没有信主的和慕道友不适合执行教会纪律。需要的传讲全备的福音，如罪与悔改等。有的会领受，有的会离开。无论结果如何，我们都要用爱心对待，并忠实地分享真理。
2、需要建立教会的会员制度。就是明确哪些人是真实信主并委身教会的。
a.谁火热谁有发言权。问题是表面的火热下可能是一颗未重生的石头心。这样的人只要有两三个，就将导致教会内混乱不断，根本无法成长。
.教会的重大事情需要征求大家意见（非关教义的），若不知道哪些人是委身的，如何进行呢？
c.没有委身，根本无法施行教会的纪律。有人犯了大罪，如背后论断，事实上在拆毁教会。若没有委身教会，不等执行教会纪律，人家就自行转会了。从而不能有效地帮助到他。
3、最好是有明文的规章制度。一则大家可以知晓并及时提醒自己，如聚会总是迟到需要被提醒；与不信主的人谈朋友，教会将不与主持婚礼，长期停止聚会将被停圣餐等。
二则免得被说成是不教而罚。比如有人总是喜欢说自己看到异梦异象，夸口自己祷告很灵。即便是真的，也不能夸口，免得夺取神的荣耀。何况其中多是有水分的。如有明文规定，第一次就可提醒并制止。不然，等到教会中许多人被迷惑、受影响了再处理，很容易被说成是对其个人有成见。那样，也无法真正帮助到他。
4.教会的同工要成熟。一般而言，执行教会的纪律，都不是个人行为，而是教会层面做出的决定。不管是同工们去劝诫，还是最后宣布处罚措施，都需要成熟的同工们集体的智慧。就是能按照圣经的步骤，也行在主的旨意中。这提醒我们，培训真门徒是教会成长的关键。否则，不是一片散沙，就是采用公司化等属世的方法。
5.不要意气用事。总要按照圣经，先是个别的方面提醒与规劝，再是责备。若其拒绝悔改，再是两位同工去劝诫。当各种方法，如生活关心，禁食祷告等都采用而无效后，才是教会牧者出面最后的提醒与劝诫。如果还是固执己见，拒绝悔改，方可告诉全教会，将其视作未信之人。太18:15～17
6.不要把执行教会纪律变异成为打击不同意见者的武器。因着人性的软弱，我们对与自己个性不合或看见不同的人（指非关基要真理）会有成见。也因为生命的幼小，尚无法做到宽容忍耐，所以可能会发生排斥异己的可悲现象。所以说，教会同工要意见一致，方可执行教会纪律。“免得撒但趁着机会胜过我们，因我们并非不晓得他的诡计。 ”林后2:11
7.当我们心中充满愤怒时，哪怕理由很充分，也不要急于宣布处理决定。因为里面若没有真实的爱心，所做的就没有属灵的价值，因为并不讨主的喜悦。总要多多祷告，若拿不准意见，也可请教兄弟教会牧者的建议。更需要的是同心合意地恒切祷告。
8.控告长老（即牧师）不能只凭一个人的口供。因为经上说:“控告长老的呈子，非有两三个见证就不要收。”提前 5:19 。魔鬼知道，击打牧人，羊就分散了，所以其惯于诬告污蔑。所以，教会同工们就算在调查核实前接收指控，也需要两三个人的证据或见证，方可接受。否则就是在得罪神。
最后，我们需要知道三个前提:
1.必须是为了主的荣耀，为了神的教会。
2.动机正确，为了教会的纯洁，对了对付罪。目的是为了对方灵魂永恒的益处。
3.有必要的代祷，并愿按照圣经而行。不应该怕施行教会的纪律。
事实上，当我们只求主的喜悦，处处照神旨意去行时，才能给教会与对方带来长久的益处。愿慈悲怜悯的父神保守他的教会，也保守我们的心。