内忧外患，回撤乐都
秃发傉檀迁都姑臧后，面对北凉、西秦、大夏的威胁，他应该继续与后秦交好关系，以牵制上述强敌。但是，秃发傉檀被入主姑臧的胜利冲昏了头脑，一改往日对后秦的讨好态度，翻脸就与后秦为敌。
一是立即恢复当初的王者规制，在车服礼制等方面与后秦平起平坐，这等于否定了后秦是宗主国的地位。二是派史暠出使后秦时激怒姚兴。当姚兴询问秃发傉檀进入凉州后是否会感激后秦时，史暠的回答让姚兴十分不爽。史暠说：“秃发傉檀在河西积德行善，英名远扬，这是他应该得到的，没有什么可感激的！”这番话，等于否定后秦在秃发傉檀入主姑臧中所起的作用。
显然，秃发傉檀过高地估计了自己的实力，导致南凉外患内忧不断，挫折与失败接踵而至。
一是与北凉作战屡战屡败。南凉定都姑臧后，南凉与北凉互相攻战，战争频繁，关系更加紧张。南凉秃发傉檀不自量力，常常先发制人，进攻北凉。双方发生过多次战役，北凉均占上风。407年，南凉攻打沮渠蒙逊，双方在均石（今张掖东）交战，秃发傉檀大败，丧失了西郡（今山丹县东南）。410年，秃发傉檀派部将枯木、胡康、俱延等先后攻打沮渠蒙逊，均大败而回。秃发傉檀准备亲自率领军队攻打沮渠蒙逊，太史令景保劝谏不宜出战，战则必败。秃发傉檀不听，与沮渠蒙逊在穷泉（今张掖东）交战，结果全军覆没，秃发傉檀侥幸逃回。沮渠蒙逊乘胜追击，包围了姑臧。投降沮渠蒙逊的有一万多户。秃发傉檀恐惧，请求讲和，沮渠蒙逊答应了。秃发傉檀就派大臣敬归和儿子秃发佗去北凉做人质，沮渠蒙逊掠走姑臧城居民八千多户而回。
二是与大夏交战一败涂地。大夏国是新崛起于高平川（今宁夏固原境内）的匈奴部落建立的，首任国王是赫连勃勃。407年，赫连勃勃以秃发傉檀不答应联姻为借口，率兵两万攻打姑臧，杀伤南凉一万多人，抢掠二万七千人和数十万头牲畜回撤。秃发傉檀不听将领焦朗的劝告，率领军队追赶，被赫连勃勃设下埋伏打败。此役，南凉军队死伤一万多人，名臣勇将阵亡者达十之六七，元气大伤。
三是与后秦为敌失去外援。秃发傉檀入主姑臧前竭力讨好后秦，进入姑臧后马上对后秦翻脸，致使后秦十分不满。408年，后秦姚兴认为教训秃发傉檀的时机成熟了，便派尚书郎韦宗到姑臧探听虚实。秃发傉檀和韦宗纵论纵横之术、兵法策略、朝代兴废、人事成败，谈论时思路清晰，辞令明辩。韦宗返回长安后向姚兴汇报说：“凉州虽残弊之后，风化未颓”，劝说姚兴暂时不要对南凉用兵。姚兴不听，派三万步兵骑兵去攻打秃发傉檀。秦军很快到达姑臧城下，屯驻于西苑。双方对峙多日，互有胜负。后秦派出孟钦等五位神箭手在城门前挑战，箭还没来得及射出，南凉材官将军宋益等骑马奔驰过来杀了他们。这一举动，大大激发了南凉军队的斗志。后秦看到围困多日无果，且劳师远征十分不利，遂撤军而去。此役，虽然秃发傉檀击退了后秦军队，但由于得罪后秦，树敌太多，导致没有任何外援，处于极端孤立的危险之中。
秃发傉檀的“内忧”也是层出不穷，接连不断。
一是“东苑之诛”。后秦军队包围姑臧之后，州人王钟、宋钟、王娥等人秘密地作内应，事情泄露后，秃发傉檀听取部将伊力延侯的建议，在东苑坑杀了五千多人。残酷的诛杀，使姑臧城内人心惶惶，怨言四起。
二是成七儿事件。秃发傉檀害怕外敌进攻，就采取堡垒政策，把三百里内的百姓都迁进姑臧城，导致境内的百姓都惊骇怨恨。屠各胡人成七儿趁着百姓惊扰，率领部属三百人在北城反叛秃发傉檀，一夜间人数达到了几千。
三是“边梁之乱”。南凉朝廷中的一些官僚也对秃发傉檀不满，军谘祭酒梁裒、辅国司马边宪等七人乘乱谋反，史称“边梁之乱”。
虽然这些叛乱都被秃发傉檀平定，但从一个侧面反映了秃发傉檀已经失去了民心。
如此多的内忧外患叠加在一起，使秃发傉檀当初入主姑臧时的奋发意气烟消云散。
一连串的挫折和失败，使南凉遇到了建国以来的最大危机。
410年，秃发傉檀又收到南凉右卫将军折掘奇镇在石驴山（今青海门源县境）反叛的坏消息，让秃发傉檀顿感雪上加霜。据守姑臧的秃发傉檀既害怕被北凉沮渠蒙逊消灭，又担心折掘奇镇攻克洪池岭以南使自己失去退路，思虑再三，只好泪别姑臧，再次迁到乐都，留下大司农成公绪镇守姑臧。
屈指算来，秃发傉檀从406年入主姑臧，迁都姑臧，到410年放弃姑臧，迁都乐都，只有短短的5年时间。